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相關(guān)文獻(xiàn)
經(jīng)典案例
技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
案例1 轉(zhuǎn)錄組測序揭示大鼠11個(gè)器官，4個(gè)不同發(fā)育階段的轉(zhuǎn)錄信息
研究背景
大鼠常作為化學(xué)毒性及藥物作用機(jī)理研究的模式生物，但我們對大鼠的各個(gè)器官、各個(gè)發(fā)育階段的轉(zhuǎn)錄信息還不太了解。本研究使用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)對大鼠各器官各階段的320個(gè)樣本進(jìn)行測序分析。
研究方法
研究結(jié)果
1 聚類熱圖展示來自320個(gè)大鼠樣本40064個(gè)基因的表達(dá)量 。
2 Circos圖，展示器官之間兩兩基因表達(dá)量差異數(shù)量。
3 性別特異性聚類與GO富集術(shù)語的關(guān)系。
4 趨勢分析揭示四個(gè)階段間基因的變化走勢。
5 各器官之間表達(dá)量相關(guān)性分析 。
研究結(jié)論
共檢測到40,064個(gè)基因，65,167個(gè)轉(zhuǎn)錄本，31,909個(gè)可變剪切，2,367非編碼RNA，并建立了大鼠不同器官、不同發(fā)育時(shí)期的表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫。
案例2 轉(zhuǎn)錄組測序揭示玉米胚乳發(fā)育階段的基因表達(dá)譜
研究背景
大鼠常作為化學(xué)毒性及藥物作用機(jī)理研究的模式生物，但我們對大鼠的各個(gè)器官、各個(gè)發(fā)育階段的轉(zhuǎn)錄信息還不太了解。本研究使用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)對大鼠各器官各階段的320個(gè)樣本進(jìn)行測序分析。胚乳是被子植物在雙受精過程形成的滋養(yǎng)組織，在胚胎發(fā)育和幼苗發(fā)芽階段扮演著重要角色。胚乳中富含的碳水化合物和蛋白質(zhì)也是提供人類食物中的重要部分。然而，我們對胚乳形成和分化的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)了解很少。本文對授粉后12天內(nèi)，8個(gè)階段的核及胚乳的mRNA進(jìn)行表達(dá)譜分析。
研究方法
研究結(jié)果
1 聚類熱圖展示來自320個(gè)大鼠樣本40064個(gè)基因的表達(dá)量 未授粉（0 DAP）、早期核發(fā)育階段（2-6 DAP）、胚乳發(fā)育階段（8-12 DAP）基因表達(dá)Venn圖。
2 各個(gè)階段差異基因表達(dá)趨勢圖。
研究結(jié)論
本研究得到了胚乳早期發(fā)育階段基因的時(shí)空動(dòng)態(tài)表達(dá)，這些基因涉及到一系列的發(fā)育過程，包括多細(xì)胞核體轉(zhuǎn)運(yùn)，細(xì)胞分化，胚乳有絲分裂增值等。
參考文獻(xiàn)
1、A rat RNA-Seq transcriptomic BodyMap across 11 organs and 4 developmental stages. [Nature Communications, 2014]
2、Temporal patterns of gene expression in developing maize endosperm identified through transcriptome sequencing. [PNAS, 2014]
