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相關(guān)文獻(xiàn)
經(jīng)典案例
技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見(jiàn)問(wèn)題
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示地黃與環(huán)烯醚萜合成相關(guān)的基因
研究背景
大鼠常作為化學(xué)毒性及藥物作用機(jī)理研究的模式生物，但我們對(duì)大鼠的各個(gè)器官、各個(gè)發(fā)育階段的轉(zhuǎn)錄信息還不太了解。本研究使用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)對(duì)大鼠各器官各階段的320個(gè)樣本進(jìn)行測(cè)序分析。地黃是古代廣泛使用的一種中草藥，富含生物活性環(huán)烯醚萜。盡管具備巨大的藥用性，我們對(duì)這種植物合成環(huán)烯醚萜相關(guān)的分子知識(shí)一無(wú)所知。為了研究它的基因組，并且研究與環(huán)烯醚萜相關(guān)的基因，我們進(jìn)行了大規(guī)模的平行測(cè)序。
研究方法
研究結(jié)果
1 基因GO富集分析
2 基因PATHWAY富集分析。
研究結(jié)論
生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)了一系列的基因與環(huán)烯醚萜合成相關(guān)。一些僅在萜類吲哚生物堿的植物中表達(dá)的基因的同源基因也被鑒定出來(lái)，這一發(fā)現(xiàn)說(shuō)明，環(huán)烯醚萜合成途徑II與途徑I在其合成的早些階段共享某些酶。使用qPCR對(duì)4種異戊烯轉(zhuǎn)移酶進(jìn)行定量分析發(fā)現(xiàn)它們也在地黃中發(fā)揮作用。本研究后續(xù)環(huán)烯醚萜合成研究提供了重要信息。
參考文獻(xiàn)
Transcriptome Analysis Reveals Putative Genes Involved in Iridoid Biosynthesis in Rehmannia glutinosa. [International Journal of Molecular Sciences, 2012]
