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相關(guān)文獻(xiàn)
經(jīng)典案例
技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
案例1 長(zhǎng)鏈非編碼RNA和增強(qiáng)子RNAs調(diào)控人單核細(xì)胞脂多糖誘導(dǎo)的炎癥反應(yīng)
研究背景
非編碼RNA是一類新的調(diào)控生物學(xué)過程的分子，其在人的免疫反應(yīng)中的作用還不太清楚。因此，本研究對(duì)人單核細(xì)胞使用RNA測(cè)序技術(shù)進(jìn)行非編碼RNA測(cè)序。
研究方法
研究結(jié)果
1 lncRNA鑒定。a:lncRNAs鑒定流程圖；c:單核細(xì)胞、Gencode v13及HumanBodyMap中l(wèi)ncRNAs分布；d：lncRNAs差異表達(dá)火山圖；e：鑒定lncRNAs在基因上的位置分布。
2 編碼蛋白鑒定。a：火山圖展示LPS刺激的單核細(xì)胞與未刺激的單核細(xì)胞的差異；b：RNA-seq與芯片分析結(jié)果的相關(guān)性；c：差異結(jié)果的KEGG富集分析。
研究結(jié)論
本研究共得到了76個(gè) enhancer RNAs，40個(gè)canonical lncRNAs，65 antisense lncRNAs，35 個(gè) bidirectional 轉(zhuǎn)錄本在響應(yīng)細(xì)菌脂多糖時(shí)發(fā)生了顯著差異變化。當(dāng)下調(diào)eRNAs (IL1b-eRNA)、RBT (IL1b-RBT46)時(shí)，減少了mRNA的產(chǎn)生，削弱了促炎癥反應(yīng)介導(dǎo)因子IL1b和CXCL8的釋放。并預(yù)測(cè)lncRNAs在人的先天性免疫反應(yīng)中是一個(gè)重要的調(diào)控因子。
案例2 健康人群中l(wèi)ncRNA比蛋白編碼基因表現(xiàn)出更高的表達(dá)量變異
研究背景
lncRNA逐漸被認(rèn)為與基因調(diào)控密切相關(guān)，并且可能會(huì)比蛋白編碼基因的數(shù)量多。雖然，已經(jīng)報(bào)道了大量的lncRNAs，但由于其具有較強(qiáng)的組織特異性和表達(dá)量較低的特性，其注釋一直不太完善。同時(shí)，個(gè)體表達(dá)量的變異也是一個(gè)重要的因素。本研究探討了lncRNA在人原發(fā)粒細(xì)胞中表達(dá)的變異性。
研究方法
研究結(jié)果
lncRNA個(gè)體間表達(dá)差異聚類熱圖。
研究結(jié)論
需要更全面的對(duì)這些低表達(dá)和高組織特異性的lncRNA進(jìn)行注釋。同時(shí)，當(dāng)我們對(duì)人類的lncRNA進(jìn)行深入的注釋或者將其用于預(yù)后或疾病的標(biāo)志物時(shí)，也要考慮到個(gè)體之間lncRNA表達(dá)的差異。
參考文獻(xiàn)
1、Long non-coding RNAs and enhancer RNAs regulate the lipopolysaccharide-induced inflammatory response in human monocytes. [nature communications, 2014]
2、Long non-coding RNAs display higher natural expression variation than protein-coding genes in healthy humans. [Genome Biology, 2014]
