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相關(guān)文獻(xiàn)
數(shù)據(jù)分析
技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
數(shù)據(jù)分析
1、測序堿基錯(cuò)誤率評估
測序錯(cuò)誤率決定堿基質(zhì)量，受測序儀本身、測序試劑、樣品等多因素影響，原始測序序列raw reads含有帶接頭的reads及低質(zhì)量的reads。為了保證信息分析準(zhǔn)確，需對原始序列進(jìn)行篩選，得到clean reads。
2、GCAT含量分布
GC含量分布檢查用于檢測有無AT、GC分離現(xiàn)象，該現(xiàn)象可能是測序或者建庫所引起。對于DGE測序來說，會導(dǎo)致reads前6-7個(gè)堿基有較大的波動，屬于正常情況。
3、IGV可視化
采用IGV軟件對基因組上比對序列文件可視化，可直觀查看染色體、基因上具體序列細(xì)節(jié)。
4、circRNA長度統(tǒng)計(jì)
樣本的circRNA長度分布如圖所示。
5、circRNA來源統(tǒng)計(jì)
circRNA可以來源于exon、intron及ingtergenic的剪接。
6、circRNA表達(dá)量統(tǒng)計(jì)
TPM 密度分布統(tǒng)計(jì)。
7、火山圖
火山圖用于直觀展示兩組實(shí)驗(yàn)中，circRNA表達(dá)量的上調(diào)、下調(diào)情況。
8、circRNA聚類熱圖
將表達(dá)模式相同或相近的circRNA進(jìn)行聚類分析，進(jìn)而識別未知circRNA的功能或已知circRNA的未知功能；這些同類的circRNA可能具有相似的功能，或是共同參與同一代謝過程或細(xì)胞通路。
9、趨勢分析
趨勢分析，將不同時(shí)間點(diǎn)或狀態(tài)點(diǎn)的circRNA表達(dá)值進(jìn)行聚類，通過計(jì)算circRNA落入時(shí)間表達(dá)譜或狀態(tài)表達(dá)譜的顯著水平，識別顯著性的變化趨勢表達(dá)譜和與這些變化趨勢相關(guān)的circRNA。
10、差異circRNA來源基因GO富集
對差異circRNA來源基因進(jìn)行GO富集，直觀的反映出在生物過程（Biological Process）、細(xì)胞組分（Cellular Component）和分子功能（Molecular Function）富集的GO term上差異基因的個(gè)數(shù)分布情況。
11、GO有向無環(huán)圖
DAG有向無環(huán)圖展現(xiàn)富集到的GO術(shù)語之間的關(guān)系。
12、差異circRNA來源基因PATHWAY富集
將差異circRNA來源基因進(jìn)行PATHWAY富集，對得到通路注準(zhǔn)差異基因信息，上調(diào)基因的KO節(jié)點(diǎn)標(biāo)紅色，下調(diào)基因的KO節(jié)點(diǎn)標(biāo)綠色。
13、miRNA結(jié)合分析
對鑒定的circRNA進(jìn)行miRNA結(jié)合位點(diǎn)分析，有助于進(jìn)一步研究circRNA的功能。
以上分析皆為標(biāo)準(zhǔn)分析，生因生物可根據(jù)具體項(xiàng)目、具體需求提供個(gè)性化分析。
