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技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
外顯子測序研究巴雷特食管和腺癌
研究背景
巴雷特食管通過一系列的事件發(fā)展成食管腺癌，其中包括CDKN2A的功能喪失、p53的抑制和染色體的非整倍性。本研究我們對25對食管腺癌進(jìn)行外顯子測序。
研究方法
研究結(jié)果
1 巴雷特食管相比于其他癌癥突變頻率高，而基因組擴(kuò)增少。a：巴雷特食管，巴雷特發(fā)育不良，腺癌與其他癌的比較；b：25個(gè)樣本的突變頻率；c：樣本中片段丟失的頻率；d：樣本中擴(kuò)增的頻率。
2 配對分析顯示巴雷特食管的致癌基因擴(kuò)增較少。
3 在非基因組加倍的腺癌中腫瘤抑制因子的突變更為頻繁。a：突變頻率分布；b：PATHWAY富集分析。
4 基因組加倍的腺癌基因組高頻擴(kuò)增主要在細(xì)胞周期調(diào)控因子和轉(zhuǎn)錄因子。
研究結(jié)論
分析顯示TP53突變會在巴雷特食管早期如非增生性上皮中出現(xiàn)，然后會出現(xiàn)致癌基因的擴(kuò)增。對食管腺癌外顯子進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)約62.5%的食管腺癌病人出現(xiàn)基因組加倍而那些有基因組加倍的腫瘤卻又不同的基因組改變特征，常伴隨著更高頻率的致癌基因擴(kuò)增以及腫瘤抑制因子的抑制，包括CDKN2A。這些數(shù)據(jù)暗示食管腺癌的發(fā)生并不是通過腫瘤抑制因子的逐漸積累，而是通過更為直接的方式即TP53突變引起的基因組加倍，和伴隨而來的致癌基因的擴(kuò)增。
參考文獻(xiàn)
Paired Exome Analysis of Barrett’s Esophagus and Adenocarcinoma. [Nature Genetics, 2015]
