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相關(guān)文獻(xiàn)
經(jīng)典案例
技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
單細(xì)胞基因組測(cè)序揭示乳腺癌細(xì)胞的克隆演化
研究背景
乳腺腫瘤曾做過很多測(cè)序研究，也發(fā)現(xiàn)了許多突變位點(diǎn)，但我們對(duì)腫瘤內(nèi)基因組異質(zhì)性的認(rèn)識(shí)卻很少。本研究發(fā)展了一套全基因組和外顯子單細(xì)胞測(cè)序方法，使用G2/M細(xì)胞，能夠覆蓋約91%的基因組。并將這種方法應(yīng)用在正常的和腫瘤樣本包括雌激素受體陽性和三陰性導(dǎo)管癌單個(gè)細(xì)胞。
研究方法
研究結(jié)果
1 本研究實(shí)驗(yàn)流程。
2 細(xì)胞拷貝數(shù)變異聚類熱圖。a：50個(gè)ER乳腺癌腫瘤細(xì)胞；b：50個(gè)三陰性腫瘤細(xì)胞病人。
3 三陰性乳腺癌分布及蛋白影響預(yù)測(cè)。a：無義突變的分布；b：Polyphen和SIFT預(yù)測(cè)得分。
研究結(jié)論
數(shù)據(jù)表明非整數(shù)倍染色體重排發(fā)生在腫瘤發(fā)生的早期，并且隨著腫瘤的增大保持穩(wěn)定。而，點(diǎn)突變則是逐漸積累的，隨時(shí)腫瘤的擴(kuò)張而分化。許多各異的突變呈現(xiàn)出低頻率（<10%）發(fā)生。通過算法分析，我們發(fā)現(xiàn)三陰性腫瘤細(xì)胞的突變率增加（13.3X）而ER+腫瘤不是。這些發(fā)現(xiàn)對(duì)乳腺癌的診斷、治療及耐藥性演化研究有重要幫助。
參考文獻(xiàn)
Clonal Evolution in Breast Cancer Revealed by Single Nucleus Genome Sequencing. [Nature, 2014]
