首頁
>
微生物測序
>
細菌基因組de novo測序
>
經(jīng)典案例
更多
相關(guān)文獻
經(jīng)典案例
技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
SMRT DNA測序鑒定空腸彎曲桿菌基因組限制性修飾圖
研究背景
空腸彎曲桿菌是一種主要的人類腸胃炎致病菌。本研究分析了一株來自嚴重腸炎病人的F38011菌株，在基因組和蛋白質(zhì)組的角度認識細菌的致病過程。
研究方法
研究結(jié)果
1 C. jejuni F38011菌株基因組圖。1.69M染色體基因組，以DnaA起始，1613編碼區(qū)域。
2 C. jejuni F38011菌株與NCTC11168基因組比較。A：ACT比較分析；B：兩種菌株（PR1-PR7）比較分析。
3 C. jejuni F38011菌株甲基化分析發(fā)現(xiàn)5個主要的甲基化修飾。
4 C. jejuni F38011菌株蛋白質(zhì)組分析。A：LC-MS/MS分析蛋白質(zhì)種類；B：基因組UniProt預(yù)測485個酶。
研究結(jié)論
空腸彎曲桿菌F38011菌株長度為1,691,939bp,GC含量為30.5%。使用三代測序和限制性內(nèi)切酶數(shù)據(jù)庫分析F38011菌株基因組位點以及可能與DNA限制性修飾有關(guān)的酶。共發(fā)現(xiàn)5個甲基化修飾與基因組修飾有關(guān)。蛋白組學(xué)分析得到的多肽序列與推測的多肽序列相一致。本研究為分析空腸彎曲桿菌限制性修飾酶的精準功能奠定了基礎(chǔ)?？傊狙芯康牡慕Y(jié)果有利于我們理解空腸彎曲桿菌基因組、甲基化譜和編碼能力。
參考文獻
Analysis of the Campylobacter jejuni Genome by SMRT DNA Sequencing Identifies Restriction-Modification Motifs. [Plos One, 2015]
